Apelidado pelo Fundador de Domus Áurea Arquivos de Fragmentos de Arte, o Museu é constituído por diferentes colecções, protegidas por um edifício que se caracteriza, no exterior, pela integração de elementos arquitectónicos como o torreão cilíndrico e ameado dos jardins e, no interior, por uma capela e uma estrutura de três alas em “U”, provida de arcadas à laia de Claustro. As colecções, formadas por um espólio variado, criam um espaço museológico algo curioso. Assim, numa mesma sala podem ser apreciadas as mais variadas obras de arte expostas sem aparente ligação técnica, temática ou cronológica. Aí está a particularidade do MSML – nesta aparente falta de lógica, existe precisamente uma “lógica” de um lugar que quer ser visto como um todo e não como um abrigo a peças particularizadas. Esta tipologia de Museus tem a sua origem nos Gabinetes de Curiosidades dos séculos XV e XVI. Também outros Museus no Mundo, como o Soane’s Museum em Londres ou o Museu da Universidade de Oxford, ainda apresentam as suas colecções expostas na sua aparente desorganização e caos. Percorrendo as 16 salas que constituem o Museu, surge um grande espólio que pode ser dividido nas seguintes colecções: Arte Sacra, Imaginária, Talha, Pintura, Mobiliário Litúrgico, Castiçais, Vestes litúrgicas, Etnografia, Ciências Naturais, Estatuária, Cortiça, Cerâmica, Iconografia do Fundador, Mobiliário, Numismática, Medalhística e Curiosidades.